Cool Edit Pro 2 или Audition 1.0 (что одно и то же). В меню ФАЙЛ выбираем Batch File Convert - там по закладкам - какие файлы во что конвертить куда сохранять и всё такое. Быстро и просто. Можно конвертить всё во всё (смотря какие кодеки стоят в системе).